Pada masa kepemimpinannya yang amat singkat (21 Mei 1998 – 20 Oktober 1999) BJ Habibie memang tak bisa lepas dari kontroversi. Dia dianggap masih terlalu hijau untuk menjadi presiden, dan tak tahu apa-apa soal politik. Kedekatannya dengan Soeharto yang terjalin sejak masih remaja, juga menjadi salah satu kelemahan Habibie.